Haldenvassdragets Kanalmuseum åpnet på Ørje Brug i 1986,( 200 år etter at kanalbyggeren Engebret Soot ble født.) De første årene var dette et rent kulturhistorisk museum som tok for seg/berette om den virksomheten som har vært knyttet til tømmeret og foredlingen av det. Vassdraget er imidlertid svært interessant også naturhistorisk og økologisk, med en stor variasjon av naturtyper og et stort biologisk mangfold. I 1994 vedtok derfor museet en ny målsetting:
Haldenvassdragets Kanalmuseum skal være et senter for opplevelse, aktivitet og kunnskap om Haldenvassdraget/kanalen. Museet skal dokumentere og formidle vassdraget både natur- og kulturhistorisk. Gjennom dette skal det skapes en forståelse av samspillet mellom vassdraget og menneskets bruk av det, som igjen vil fremme en samfunnsutvikling som er mest mulig i harmoni med naturforutsetningen i Haldenvassdragets nedbørsfelt. Samtidig skal museet informere om vassdraget og skogen som rekreasjonsområde, og derved inspirere til friluftsliv, natur- og kulturopplevelser og engasjement for kultur- og miljøvern.
I 1998 kjøpte museet det gamle tresliperiet på Ørje Brug og eier nå nesten hele det gamle bruksområdet, med bestyrerbolig, arbeiderboliger, tresliperiet og uthus. 15. juni 2001 ble det innviet en ny utstilling i fabrikkhallen. Denne utstillingen omfatter både kulturhistorie og naturhistorie/økologi.
Kanalmuseet er i dag en avdeling under Østfoldmuseene.